Description

NGL est un outil développé par l'Institut de Génomique (CEA à Evry) et mis à disposition de GeT via France Génomique.

NGL est un ensemble de modules flexibles qui permettent

  • de tracer les expériences de séquençage et d'y associer des métadonnées : NGL-Sq
  • d'automatiser les lancements des contrôles qualité des données de séquençage : NGL-Bi
  • de mettre à disposition aux équipes de recherche les données produites pour leurs projets : NGL-Bi
  • de permettre la soumission des données produites à l'ENA (2ème semestre 2025 pour les projets de partenariat) : NGL-Sub

Concepts

  • Un readset représente un échantillon sur un run de séquençage. Un ou plusieurs fichiers de séquences (fastq.gz Read1 et Read2 par exemple) sont associés à un readset.
  • Une analyse est un regroupement de readsets sur lesquels sont exécutés des contrôles qualité.

Comment accéder aux contrôles qualité et télécharger mes données?

Après validation de la qualité des données d'une analyse par les agents GeT, un mail est automatiquement envoyé aux personnes associées au projet, avec les modalités de téléchargement.

Nous vous proposons plusieurs moyens d'accéder à vos données dont :

  • rsync
  • wget
  • curl
  • un accès via une page web
  • un accès direct sur le cluster de la plateforme bioinformatique de Toulouse
En plus de l'information dans l'email, vous trouverez la façon de récupérer vos données en allant dans la /les analyses pour votre projet :
  • Cliquer sur Analyses > Recherche
  • Utiliser le formulaire pour filtrer vos analyses en spécifiant des paramètres permettant de limiter le nombre de résultats le cas échéant (sélection du projet, créé depuis le....) puis cliquer sur la loupe
  • Cliquer sur la ou les analyses qui vous intéressent, puis cliquer sur la punaise pour les faire apparaître dans le menu de gauche
  • Cliquer sur une analyse dans le menu de gauche : le détail de l'analyse correspondante apparaît permettant d'accéder au rapport des contrôles qualité et aux différents moyens de télécharger vos données
  • En cliquant sur le lien du rapport des contrôles qualité, vous accéderez à une page web dynamique décrivant les données produites (nombre de séquences, longueur, qualité....)